ВНАУ — потужний осередок освіти і науки із сучасною матеріально-технічною базою, розлогою мережею філій та наукових центрів, широко відомий в Україні та за кордоном.

Університет має у своєму складі 6 факультетів: агрономії та лісівництва, економіки та підприємництва, обліку та аудиту, менеджменту та права, інженерно-технологічний, технології виробництва і переробки продукції тваринництва та ветеринарії.

До структури ВНАУ також входять:

Верхівський аграрний фаховий коледж Вінницького національного аграрного університету,

Ладижинський фаховий коледж Вінницького національного аграрного університету,

Могилів-Подільський технолого-економічний фаховий коледж Вінницького національного аграрного університету,

Немирівський фаховий коледж будівництва, економіки та дизайну Вінницького національного аграрного університету,

Технологічно-промисловий фаховий коледж Вінницького національного аграрного університету,

Чернятинський фаховий коледж Вінницького національного аграрного університету.

Аграрний університет здійснює  підготовку за багатоступеневою системою: адаптація випускників шкіл до навчання у виші, підготовка молодших спеціалістів, бакалаврів, магістрів, кандидатів і докторів наук.